Misisipi, ki je bil v zvezo sprejet leta 1817, je prvo zastavo dobil šele leta 1861. V njej je bilo drevo magnolija. Leta 1865 je državna ustavna konvencija sprejela sklep, da ta zastava nima pravne vrednosti in Misisipi je bil spet brez zastave.
Šele leta 1894 so sprejeli novo zastavo, v barve katere pa so inkorporirali vojno zastavo Armade Severne Virginije. V letih 1996 in 2001 so spremenili barve v zastavi, sicer pa je ostala enaka.
Zanimivo je, da so leta 2001 izvedli referendum za novo zastavo, ki pa ni bil izglasovan. 64 % tistih, ki imajo volilno pravico in so prišli na volišča, je glasovalo, da stara zastava ostane še naprej v veljavi. Popis prebivalstva iz leta 2010 kaže, da je takrat v Misisipiju živelo 58,1 % belopoltih (od tega le 1,1 % Latino Američanov) in 37 % temnopoltih. Ostalih je bilo zgolj za vzorec, prvotnih prebivalcev npr. zgolj pol odstotka.
Leta 2015, ko je simpatizer Konfederacije streljal v cerkvi v Charlestonu (Južna Karolina) in ubil devet temnopoltih, je vseh osem javnih univerz Misisipija in več mest ter okrožij zavrnilo obešanje zastave, dokler je v njem konfederacijski emblem.
Zastava Misisipija je tako bila edina zastava kakšne države ZDA, ki je še imela simbol konfederacije in s tem sužnjelastništva oz. rasizma. Od včeraj naprej pa je Misisipi ponovno brez zastave. Zakonodajalec je tokrat ubral drugačen pristop. V nedeljo sta oba domova kongresa izglasovala predlog, da se stara zastava ukine, o novi pa se bo glasovalo na referendumu. V 15 dnevih se mora stara zastava umakniti iz vseh javnih stavb. Izbrana bo komisija, ki bo predlagala novo zastavo. O njej se bo odločalo na referendumu. Če ne bo izglasovana, bo komisija predlagala novo zastavo.